Die türkische Regierung hat die Absicht, die griechisch-orthodoxe Sophien-Kirche von Trabzon am Schwarzen Meer aus dem heutigen Museum wieder in eine Moschee zu verwandeln.

Für die Armenier ist die Sophien-Kirche eine religiös-historische Gedenkstätte ersten Ranges. Beobachter in der Hauptstadt Ankara befürchten, dass es sich bei dem Moscheeplan für Trabzon um keinen Einzelfall, sondern um ein klares Indiz für die Neuorientierung der türkischen Religionspolitik handelt. So ist bereits 2011 die Konzilskirche von Nicäa, in der 787 die letzte gemeinsame Kirchenversammlung der Ost- und Westchristen getagt hatte, vom Museum wieder zur Moschee wie gemacht worden. Atatürk hatte einige bedeutende Kirchen-Moscheen in Museen verwandelt.

Die Hagia Sophia ist das bedeutendste Bauwerk der Stadt Trabzon. Sie ist heute drei Kilometer vom Zentrum entfernt. Die Klosterkirche wurde unter Kaiser Manuel I. (reg. 1238–1263) erbaut und im 16. Jahrhundert in eine Moschee umgewandelt. 1880 ließ ein strenggläubiger Muslim die prächtigen Wandmalereien überweißeln, Mitte des 20. Jahrhunderts wurden sie restauriert.