Sie ist Autorin des Buches „Im Namen Allahs?“ – Christenverfolgung im Islam“, das vor kurzem im Verlag Herder (Freiburg) erschienen ist. Breuer verweist darin auf Äußerungen führender Kirchenvertreter. So habe der EKD-Ratsvorsitzende, Präses Nikolaus Schneider (Düsseldorf), im vergangenen Jahr erklärt: „Es ist ein Irrtum zu sagen, der Islam sei deutlich weniger am Frieden interessiert als das Christentum.“ Nach den Worten der promovierten Islamwissenschaftlerin zeugt diese Aussage von einer „einseitigen Wahrnehmung des Islam“. Denn er rechtfertige in seinen Quellen, dem Koran, und auch nach dem gelebten Vorbild des Propheten Mohammed „anders als die Quellen des Christentums Gewalt in bestimmten Situationen“.
Der Autorin zufolge ist zwar das Streben der Kirchen nach achtungsvollem Umgang mit den Muslimen und einem konstruktiven Dialog „aller Ehren wert“. Dabei dürfe man aber den real existierenden Islam und seine Auswirkungen auf die orientalischen Christen nicht ausblenden.
Nach Einschätzung Breuers hat sich die Christenverfolgung in muslimischen Ländern verschärft. Saudi-Arabien, Pakistan, Afghanistan, der Iran, Nigeria und die Malediven, eine Inselgruppe im Indischen Ozean, stellten nur die Spitze eines Eisbergs dar. Gleichzeitig werde in Europa einer „per se pro-islamischen und antichristlichen Grundhaltung in vorauseilendem Gehorsam Folge geleistet“. Mit aller Macht versuche man, „die religiösen Gefühle Andersgläubiger und insbesondere der Muslime zu schonen und zu schützen“. Nach Ansicht der Autorin ist es keinesfalls „islamfeindlich und schon gar nicht ‚islamphob‘, auf die desolate Situation vieler Christen in der islamischen Welt hinzuweisen“. Vielmehr sei es „christenfeindlich“, es nicht zu tun.
In einem Interview mit der Frankfurter Allgemeinen Sonntagszeitung sagte die Islamwissenschaftlerin, dass sich Verfolgte zu wenig durch westliche Kirchen unterstützt fühlen: „Mich haben schon vor 20 Jahren Christen in der muslimischen Welt fassungslos gefragt, wie es denn sein könne, dass die Kirchen sich sehr für die Rechte von Muslimen einsetzen, was ja nicht falsch ist, aber gleichzeitig keinen Sinn dafür haben, was mit den Christen in muslimischen Ländern geschieht.“
In ihrem Buch vertritt Breuer die Ansicht, dass muslimisch-christliches Zusammenleben gelingen kann – auch dort, wo Muslime in der Mehrheit sind. Als Beispiel nennt sie das westafrikanische Gambia, wo 70 Prozent der Bevölkerung muslimisch seien und es keine religiöse Diskriminierung gebe. Grund sei das säkulare Staatswesen. Breuer zufolge sind Bürger in aller Regel nicht an religiösen Grabenkämpfen interessiert. Sie wollten ein würdiges Leben für sich und ihre Nachbarn. Allerdings arbeite die „islamistische Lobby“ mit „beängstigendem Erfolg“ daran, die Solidarität der Menschen untereinander zu zerstören. Am Ende ihres Buches blickt die Islamwissenschaftlerin eher skeptisch in die Zukunft: „Im Moment jedenfalls ist ein Ende der Abwärtsentwicklung und der massiven Auswanderung der Christen aus der islamischen Welt nicht abzusehen, und es könnte alles noch viel schlimmer kommen.“